아틀레티코 인데펜디엔테(스페인어: Club Deportivo Atlético Independiente)는 엘살바도르의 산비센테를 연고로 하는 축구 클럽이다. 현재 엘살바도르 프리메라디비시온에 참가하고 있다. 클럽은 1949년 11월 19일에 창단되었으며 홈 구장은 에스타디오 아르만도 몰리나로 5,000명을 수용할 수 있다. 아틀레티코 인데펜디엔테는 코파 엘살바도르에서 세 번의 우승을 차지했으며 CONCACAF 챔피언스리그에 세 번 출전했다.
아틀레티코 인데펜디엔테는 1990년대 초반에 큰 성공을 거두었다. 1991년과 1992년에 코파 엘살바도르에서 우승했으며 1995년에는 CONCACAF 챔피언스리그에 출전했다. 그러나 1990년대 후반부터 클럽은 쇠퇴하기 시작했다. 2000년에는 엘살바도르 프리메라디비시온에서 강등되었으며 그 후 몇 년 동안 2부 리그에서 뛰었다. 2006년에 아틀레티코 인데펜디엔테는 다시 프리메라디비시온으로 승격되었지만 2008년에 다시 강등되었다. 2011년에 다시 승격되었지만 2013년에 다시 강등되었다. 2015년에 다시 승격되었고 현재까지 프리메라디비시온에 참가하고 있다.
아틀레티코 인데펜디엔테의 역대 최다 출장 선수는 마르코스 폰세카로, 369경기에 출전했다. 역대 최다 득점자는 라울 디로사로, 126골을 기록했다.
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